datoanuncios.orgRegion MetropolitanaSantiagoInvestigación Destacada / Martes 17 de Octubre del a�o 2017 /45 15:39 Horas.
evaluación muestra que el software Metagenomics tiene mucho espacio para mejorar
evaluación muestra que el software Metagenomics tiene mucho espacio para mejorar...

Subscribe in a reader

La evaluación muestra que el software Metagenomics tiene mucho espacio para mejorar.

Una reciente evaluación crítica de las herramientas de software representa un paso clave para domar la naturaleza del "salvaje oeste" del floreciente campo de la metagenómica, dijo un biólogo matemático de la Universidad Estatal de Oregon que participó en la investigación.

Metagenómica se refiere a la ciencia de estudiar genéticamente comunidades enteras de microorganismos, en lugar de secuenciar una sola especie cultivada en cultivo.

"Los microbios son ridículamente importantes para la vida", dijo David Koslicki, profesor asistente de matemáticas en la Facultad de Ciencias de OSU. "No solo pueden causar cosas terribles como la plaga y la enfermedad, sino que en general, abrumadoramente, los microbios son nuestros amigos. Sin ellos haciendo su trabajo, los cultivos no podrían crecer tan bien, sería difícil digerir nuestros alimentos, es posible que no tengamos sueño en los momentos apropiados. Los microbios son tan fundamentales para la vida, para la salud, realmente necesitamos saber todo lo que podemos sobre ellos ".

Koslicki, un líder en un programa de investigación y educación universitario conocido como OMBI, la Iniciativa Microbioma de OSU, describió los hallazgos, publicados recientemente en Nature Methods, como "aleccionadores".

"No hay muchas técnicas y herramientas computacionales bien establecidas y bien definidas que los biólogos puedan usar", dijo. "Y la evaluación mostró que muchas de las herramientas que se utilizan no funcionan tan bien como se pensó inicialmente, por lo que definitivamente hay margen de mejora allí.

"Dicho esto, dependiendo de la situación en la que esté interesado un biólogo, definitivamente hay diferentes herramientas que han demostrado ser las mejores hasta el momento".

Metagenomics es un campo relativamente nuevo que se desarrolló rápidamente una vez que la secuenciación de próxima generación creció lo suficientemente barata como para que las comunidades microbianas enteras fueran económicamente viables, dijo Koslicki.

"La visión típica de la biología es un laboratorio húmedo y todo eso, pero toda una faceta tiene que ver con estas formas de alto rendimiento de acceso al material genético", dijo. "Terminas con una tonelada de datos, y cuando terminas con una tonelada de datos, introduces un nuevo problema: ¿Cómo obtengo la información importante? Tienes que encontrar un algoritmo que permita a los biólogos responder las preguntas que encuentran importantes: ¿Qué bichos hay, cuántos hay, qué están haciendo, hay algún virus? Tenemos que responder a esas preguntas y no responderlas rápidamente, sino también tener algún tipo de idea de cuán precisa es la respuesta "

La vertiginosa variedad de herramientas que los biólogos están usando para tratar de responder a esas preguntas es "algo así como el Salvaje Oeste", dijo Koslicki. "Si quieres saber qué bacterias hay en una muestra, no hay menos de tres o cuatro docenas de herramientas diferentes que las personas han ideado y de forma bastante desarticulada. Tienes equipos de estadísticos, matemáticos, biólogos, microbiólogos e ingenieros todos miran esto desde sus propias perspectivas y vienen con sus propias herramientas. Entonces viene el biólogo del usuario final y se enfrenta con 40 herramientas diferentes, y ¿cómo saben lo buenos que son para responder a las preguntas que necesitan responder?

La investigación de Koslicki, conocida como el desafío de CAMI (evaluación crítica de la interpretación del metagenoma), buscaba clasificar esas herramientas para proporcionar un mapa de ruta para los biólogos.

"El desafío involucró a la comunidad desarrolladora global para comparar sus programas en conjuntos de datos altamente complejos y realistas, generados a partir de aproximadamente 700 microorganismos recientemente secuenciados y cerca de 600 nuevos virus y plásmidos y que representan configuraciones experimentales comunes", dijo. "Esta fue una iniciativa independiente. Normalmente, cuando se comparan las herramientas, se adjunta a la publicación de un nuevo método que se compara con otras herramientas que empeoran, por lo que el nuevo método se ve bien. No ha habido mucha investigación independiente en la cual las herramientas realmente funcionan, qué tan bien funcionan, qué tipo de datos lo hacen bien, etc. "

El Consejo de Investigación del Reino Unido de Ingeniería y Ciencias Físicas, el Departamento de Energía de los Estados Unidos, el Cluster de Excelencia en Ciencias de las Plantas, el Consejo Australiano de Investigación, el Consejo Europeo de Investigación, la Agencia de Ciencia, Tecnología e Investigación de Singapur, la Fundación Lundbeck y el National Science Foundation apoyó esta investigación.


http://www.datoanuncios.org/

cambios en mitocondrias y muerte de células cancerosas
Nuevo mecanismo que relaciona los cambios en las mitocondrias con la muerte...
el poder oculto de la televisión
La influencia de la televisión en el embarazo y el parto es más poderosa...
infección por el calcio y la enfermedad de parkinson
El calcio puede jugar un papel en el desarrollo de la enfermedad de Parkinson.
enfermedades inmunitarias diferentes en gemelos idénticos
No importa si los crías de la misma manera, los alimentas igual, o los vistes...
la tiroides ligeramente inactiva puede afectar la capacidad de la mujer para ...
la disfunción leve de la tiroides puede contribuir a la infertilidad inexplicabl
estudiar la estructura de la mitosis para comprender el interior de las células
La división celular es un ballet intrincadamente coreografiado de proteínas y...
el arsénico puede causar cáncer décadas después
El arsénico puede causar cáncer décadas después de que la exposición termina.
hacia un tinte para el cabello más seguro que imita a la melanina
Hacia un tinte para el cabello permanente más seguro que imita la melanina.
estacionalidad de la pérdida de cabello
la relación entre la estacionalidad y la pérdida de cabello

Ver todo el listado de Investigación Destacada




Publicar Gratis solo Novedades de Salud y Medicina | Categorías | Lugares de Chile
La información que aquí se pasa a lo mejor de mi conocimiento. Están destinadas exclusivamente a los interesados y para la formación continua y de ninguna manera pretende ser una instrucciones de diagnóstico o terapéuticos. No aceptamos ninguna responsabilidad por cualquier daño que surja directa o indirectamente del uso de la información. En caso de sospecha de enfermedad, consulte a su médico o profesional de la salud


ventas de aceite de argan en Chile/ bolsa de trabajo/EducaciónTurismo/Artesania /Mineria/El mundo Árabe/Insumos generales/ insumos gastronomicos Austriacos/Salud, Oestreich/Ofertas de trabajo,Austria Ofertas de vuelos/Guia de restaurantes/Bohemia en Santiago/ Guia turistico